Rođen je u Ljubljani 1932. godine, gdje je također studirao arhitekturu pa završio Akademiju likovnih umjetnosti te magistrirao na Institutu za sociologiju i filozofiju. Bio je sin likovnog umjetnika i profesora Nikolaja Pirnata i spisateljice Nade Kraigher. Godine 1959. bio je odgovorni urednik revije za kulturu „Problemi“. Iste godine počinje raditi u svojoj kiparskoj radionici u Sipru kod Umaga (Polynesia). Janez Pirnat može se pohvaliti s izradom 2.000 skulptura u kamenu, mramoru, granitu, oniksu i u drugim vrstama kamena.